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　在企業合并過程中，通常合并方為盈利企業，并且凈資產的公允價值較大，而被合并方可能是虧損企業，其凈資產的公允價值相對較小，甚至為零或為負數。如果采取一般思路進行合并（假設選擇特殊性稅務處理），那么被合并企業的虧損彌補，將會受到凈資產公允價值的限制，在很多情況下，被合并企業的虧損很難在稅前得到全額彌補。
　　
　　案例
　　
　　2015年1月1日（企業合并日）A公司吸收合并B公司。B公司2012年虧損2000萬元，2013年虧損2000萬元，2014年虧損4000萬元，合計可在企業所得稅前彌補的虧損為8000萬元。合并日B公司全部資產的公允價值為30000萬元，賬面價值和計稅成本均為23000萬元，全部負債的公允價值、賬面價值和計稅成本均為30000萬元，凈資產的公允價值約為0。合并過程中，A公司對B公司原股東給予少量、象征性股權支付（遠遠低于B公司原股東原持有股權的計稅成本），非股權支付額為0。合并后，B公司不改變實質性經營活動，且B公司原股東12個月內不轉讓合并過程中取得的新股權。2015年度起，3年內A公司每年彌補虧損前的企業所得稅應納稅所得額約為5000萬元。為便于分析，假設不考慮企業所得稅以外的其他稅費。
　　
　　特殊性稅務處理與一般性稅務處理的比較
　　
　　（一）特殊性稅務處理
　　
　　根據《財政部、國家稅務總局關于企業重組業務企業所得稅處理若干問題的通知》（財稅〔2009〕59號）規定，企業合并適用特殊性稅務處理需要同時滿足以下五個條件：①具有合理的商業目的，且不以減少、免除或者推遲繳納稅款為主要目的；②企業合并后的連續12個月內不改變合并資產原來的實質性經營活動；③企業合并中取得股權支付的原主要股東，在合并后連續12個月內，不得轉讓所取得的股權；④企業股東在該企業合并發生時取得的股權支付金額不低于其交易支付總額的85%（同一控制下，且不需要支付對價的企業合并不受此比例限制）；⑤合并企業必須整體取得被合并企業的全部資產和負債。
　　
　　本案例中，A公司吸收B公司完全符合上述條件，因此有權選擇適用特殊性稅務處理。
　　
　　如果A公司吸收合并B公司，選擇特殊性稅務處理，根據財稅〔2009〕59號文件規定，A公司接受B公司資產和負債的計稅基礎，以B公司原有計稅基礎確定。B公司合并前的相關所得稅事項由合并企業承繼。B公司虧損可由A公司彌補的限額＝B公司凈資產公允價值×截至合并業務發生當年年末國家發行的長期限的國債利率，因為合并日B公司凈資產為0，因此B公司虧損在合并后理論上不能由A公司彌補。B公司原股東取得合并后A公司股權（新股）的計稅基礎，以其原持有股權（舊股）的計稅基礎確定。
　　
　　（二）一般性稅務處理
　　
　　根據財稅〔2009〕59號文件規定，特殊性稅務處理具有可選擇性，符合特殊性稅務處理的企業重組行為在任何情形下都可放棄特殊性稅務處理，即選擇一般性稅務處理。假設A公司吸收合并B公司選擇一般性稅務處理，B公司應確認清算所得：30000－23000＝7000（萬元），清算所得可全部用于彌補虧損，B公司剩余1000萬元虧損不得結轉到A公司繼續彌補。B公司股東應按清算進行所得稅處理，但因為其收回金額遠遠小于計稅成本，因此不存在應繳所得稅。A公司應按公允價值確定接受B公司的各項資產和負債的計稅基礎。
　　
　　（三）稅負比較
　　
　　特殊性稅務處理的優勢主要在于遞延納稅和彌補虧損，即B公司及其股東不需要確認清算所得繳納所得稅，B公司虧損理論上可結轉到A公司延續彌補。但是在本案例中，上述優勢并不存在：第一，B公司的清算所得可以全部用于彌補虧損，不需要負擔企業所得稅；第二，B公司股東的清算收入小于其持有股權的計稅成本，也不需要負擔所得稅；第三，B公司結轉A公司彌補的虧損受到其凈資產公允價值的限制，實際上無法彌補。
　　
　　一般性稅務處理的優勢在于可以按公允價值確認資產的計稅成本。選擇一般性稅務處理，A公司取得B公司資產的計稅基礎為30000萬元，選擇特殊性稅務處理，A公司取得B公司資產的計稅基礎為23000萬元，很明顯，一般性稅務處理未來可能比特殊性稅務處理少負擔企業所得稅：（30000－23000）×25%＝1750（萬元）。
　　
　　企業合并方案的優化調整
　　
　　從財稅〔2009〕59號文件可以看出，在企業合并過程中，虧損彌補受到限制的是被合并企業，而在吸收合并過程中對合并企業并不存在虧損彌補的限制。
　　
　　因此，如果本案例采用由B公司吸收合并A公司方式，并且選擇特殊性稅務處理，那么B公司8000萬元的虧損在合并后兩個年度內，就可以全額在稅前得到彌補，理論上可少負擔企業所得稅：8000×25%＝2000（萬元）。
　　
　　建議
　　
　　有觀點認為，虧損企業一般不具有吸收合并盈利企業的實力和可能，事實上這種觀點存在誤區。很多吸收合并行為幾乎都采取股權支付（例如增發），與合并企業的資金實力無關，即使需要現金支付，也可以通過借貸的方式完成。因此，虧損企業吸收合并盈利企業、小企業吸收合并大企業在理論上是完全可行的。虧損企業吸收合并盈利企業在實踐中并不罕見。許多虧損嚴重的上市公司，通過增發的方式吸收合并了擁有優質資產，并且盈利能力強的非上市公司，從另一角度可以看成非上市公司借殼上市。